拳皇13是一款非常好玩的動作格鬥類遊戲，它不僅保留了前代作品拳皇97的特點，更提高了遊戲的畫面質量，讓遊戲的操控性更加出色。在經曆過XII的鑄造後，本作將前作的系統完全更新，導入了EX必殺技，NEO MAX2超必殺技等新系統，在手感上更接近傳統拳皇系列作品，steam版本還將追加新角色“比利· 凱恩”，“空手道先生”，“NESTS風格京”，“斎祀（變身前）”“取回炎的庵”。
拳皇XI中，禍忌先是被草薙京、八神庵擊敗，又被紫苑投出的長槍所貫穿後失掉其生命，紫苑則消失于次元的裂縫。但是余下的一族們像嘲笑一般奪走了由哈迪倫所率領的調查部隊的努力成果，現身于其面前。他們所說的遙遠彼之地是什麽？爲何要執著的要尋求大蛇之力呢？
另一方面，八神因爲受活性的大蛇之血支配而暴走，將本來就精疲力盡的草薙京擊倒在地，阿修·克裏門森突然出現，偷襲並打敗了暴走八神庵並奪其神器及蒼炎，擺脫伊麗莎白的阻止。隨著神樂千鶴之後，已得到八神力量。 八咫之鏡已破，八咫瓊勾玉已碎，三神器之中只余下草薙之劍.......
時期到來了。相繼的遭遇事故，一直被擔心能否舉行的KOF大會。可是，被某人強行推動下，KOF大會竟相反的成爲史上最大的形式來進行。以世界各地爲擂台，在空前絕後的規模下舉行的異種格鬥大會在前所未有的華麗報道下升溫。然後，第13屆拳皇大會（拳皇XIII）的挑戰書送往強者們……那寄信人正是...（R） 在大會進行到最後，時間突然靜止，遙遠彼之地的首領率衆成員出現，而首領竟是阿修的祖先齋祀。
齋祀企圖用活祭的方式以達成自己的陰謀，不料緊要關頭，阿修利用神器之力偷襲了齋祀，原來阿修在拳皇03、XI奪取2個神器一方面是爲了迷惑祖先認爲自己是聽話的，一方面增強實力以打敗齋祀。本以爲事情就此了結，意外又發生了，阿修奪取了齋祀的冥炎力量後竟被齋祀反噬，變成了冥炎·血之螺旋瘋狂阿修，成爲了KOFXIII的最終Boss；最後阿修憑意念力控制主權，消滅了齋祀，悖于外祖母定律（時間悖論）的阿修在祖先死後亦消失于除伊麗莎白幾人的所有人的記憶中。
一切迷霧最終得以揭開，遙遠彼之地篇宣告結束……
CC、相殺等KOFXII的系統全部刪除。44縮短距離的設定也刪除了。投的方式回歸以前的方向鍵+重攻擊，拆投恢複。揮空取消複活。全角色追加遠距離普通技。
破招時會有藍色光圈顯示，但不會增加硬直，而是類似98這樣可以追擊1次。有部分破招動作類似KOFXII，但硬直時間不長。不能跑過去追加連招。另外，KOFXIII的連招系統有傷害遞減，既連擊數越大，傷害就會變低，可在打出華麗連擊的同時，不至于傷害過大而導致秒人等不平衡現象出現。
遊戲破防
體力槽下的就是防禦值槽，該槽空了即破防。現狀來說，因爲防禦槽恢複速度很快，還比較難打出破防，而且硬直並不長，所以即使破防能夠追擊大傷害的機會也不多。但是，發動HYPER DRIVE 後強制連續防禦的話還是有機會破防的。CD反擊廢氣CD反擊回歸。防禦中消耗1格能量實現。有傷害，但是當對方HP爲0時，CD反擊的傷害不會殺死對方，便會變成空血。
遊戲氣絕
氣絕複活，但是沒有明顯的氣絕槽，要憑感覺把握。
跟98、02的方式完全相同，第1個人3格氣，第2個4格，第3個5格。蓄氣速度比98略快。
EX必殺技、EX超必殺技
消耗1格能量可以強化當前的必殺技or超必。EX必殺技會附加無敵、或者飛行道具複數化、或貫通對方的飛行道具等各種有趣的能力，EX超必殺的威力比普通超殺大很多。發動EX必殺技的時候角色身上有藍色的影子，發動EX超必時會出現紅光。
DRIVE系統
能量槽上的綠色HD槽。能量增加的條件是“攻擊命中對手或讓對手防禦”。揮空，空招不能增加。沒有發動“HYPER-DRIVE”系統時，利用DRIVE取消要消耗50%的基礎槽，由此可以實現不能取消的特殊技代入必殺/超殺或必殺技代入超殺等等。也就是說，一個角色最多取消2次。
在綠色槽滿時按BC發動。可以在連續技中和空中發動。角色身上會發出火光。綠槽同02一樣隨著取消的增加自動縮短，取消一次大約消耗整條HD槽的10%，在HD模式下連擊不會增加能量槽和HD槽。
超必殺技
發動條件1：綠色HD槽全滿或已發動HD模式。發動條件2：至少有三格氣（家用機在發動BC後只需2條氣），發動條件可謂苛刻。HD模式發動後再發動NEO MAX可強制中斷當前的必殺技、超必殺技、EX超必殺技（同時綠色HD槽也將耗空）。大約能消減對方480點體力（每個角色體力值爲1000），威力相當強大，具有一擊翻盤的效果。發動時屏幕會出現彩光，每個角色的NEO MAX超必殺都各不相同（比如阿修的爲近身指令投，京的爲快速的飛行道具等）。 個別人物在NEO MAX之後可以繼續追擊（如百合、鎮等）。
傷害修正系統
拳皇13對傷害修正有特殊的設定。每增加1hit，會減少5%的傷害值。但不會無限減少下去。某些固定數值的傷害技能不會被修正系統所影響（例如爪八神八稚女最後一HIT等）具體限度：
必殺和EX必殺：20%。
超殺和EX超殺：街機1.1爲50%，家用機爲40%。
NeoMax：50%。
