《拳皇13》故事劇情接承《拳皇XI》，署名爲“R”的拳皇大會再次召開。而隨著遙遠彼之地這一神秘存在的出現，阿修·克裏門森的謎團亦逐漸揭開。在經曆過《拳皇XII》的鑄造後，該作將前作的系統完全更新，導入了EX必殺技，NEO MAX2超必殺技等新系統，在手感上更接近傳統拳皇系列作品。
在上一部《拳皇XI》的結尾，禍忌被草薙京和八神庵合力擊敗後，被紫苑投出的長槍所貫穿後死去，紫苑則消失于次元的裂縫。但是余下的一族們像嘲笑一般奪走了由哈迪倫所率領的調查部隊的努力成果並現身于其面前。他們所說的遙遠彼之地是什麽？爲何要執著的要尋求大蛇之力呢？
另一方面，八神庵因爲受活性的大蛇之血支配而暴走，將早已精疲力盡的草薙京擊倒在地。阿修·克裏門森突然出現，偷襲並打敗了暴走八神庵，取走了蒼炎及其八尺瓊勾玉，並擺脫了伊麗莎白的阻攔。隨著神樂千鶴之後進一步得到八神庵的力量。八咫之鏡已破，八尺瓊勾玉已碎，三神器之中只余下草薙之劍.......
時間將至，相繼的遭遇事故，一直被擔心能否能舉行的KOF大會。可是在某人的強力推動下，KOF大會反而以史上最大的形式來舉行。以世界各地爲擂台，在空前絕後的規模下舉行的異種格鬥大會以前所未有的華麗報道下升溫。然後，第13屆拳皇大會的挑戰書送往強者們……
寄信人則是……“R”！
在大會的終末階段，時間突然靜止，遙遠彼之地的首領齋祀率衆成員出現。其企圖以活祭的方式讓大蛇蘇醒，通過借助大蛇的力量，穿越時空之門回到過去，避免族人被滅絕的過去，同時消除所有人類。
在關鍵時刻，阿修利用神器之力偷襲了齋祀，奪取其冥炎之力以了結一切。然而齋祀憑借其強大力量竟反噬阿修，意圖操縱阿修以達成其目的；最後阿修憑借其驚人意志力控制了身體主權，阻止了齋祀的陰謀。由于齋祀是阿修的祖先，而其是通過穿越時空的方式來到現在的時間。隨著祖先死去，阿修亦因爲時間悖論的關系消失在除伊麗莎白之外所有人的記憶中。
一切迷霧最終得以揭開，遙遠彼之地篇宣告結束……
3對3戰隊：
選擇一個默認的3個角色的團隊，或者選擇3個角色來組成自己的團隊，並與團隊作戰直至獲勝！通過選擇最適合自己的角色來制定自己的團隊戰略！
·故事：
在這種模式下，您將體驗遊戲原始Arcade版本中未涉及的各種背景故事。通過主要角色Ash Crimson和其他不直接參加比賽的角色的眼神，發現有關KOF的“Ash Saga”及其秘密的真相。您的決定和戰鬥結果可能會導致您發現新的故事元素；嘗試所有不同的選項和每個場景！
·網絡：
現在具有大大改進的網絡代碼，可爲您提供最舒適的在線體驗！新的網絡代碼功能提高了您與對手之間的通信速度，還可以根據您的PC環境定制您的在線體驗！
具有三種不同類型的在線對抗比賽，使玩家可以在無盡而激烈的戰鬥中挑戰全球其他對手：
‐“排名匹配”：按照指定的規則進行戰鬥，您的結果將反映在排名中。
-“玩家匹配”：在此模式下播放不會影響您的結果。您可以隨便與別人打架。
-“好友比對”：邀請在線玩家並通過此模式向他們發起挑戰，進行激烈競爭！
·任務：
在此模式下處理三種不同的任務，並提高您的技能！
-“TIME ATTACK”：在最短的時間內擊敗所有CPU對手。
-“生存”：選擇一個角色並與盡可能多的CPU對手戰鬥。
-“試玩”：在此模式下，每個角色有10個任務，主要集中在連擊上。當您完成所有10個任務時，您將已經掌握了該角色的一些連擊。
・教程：
比賽的女主持人羅斯·伯恩斯坦（Rose Bernstein）將教您基本技術，並向您介紹量規及其用法。KOF玩家第一次應該從這裏開始習慣遊戲。
·定制：
此模式允許您編輯在線個人資料並更改字符調色板。您可以創建一個團隊以在線使用，添加在比賽中收集的圖標，或輸入要在個人資料中使用的預設消息。對于每個字符，您最多可以創建五個自定義顔色模式。在全球舞台上炫耀您的個性！
·選項：
新增加了“圖形選項”功能，允許玩家在不同的幀頻之間切換並簡化背景。
