1998年的MS2已經是作爲SNK的年度主打作品了.Nazca原班人馬加上SNK的全力支援,MS2成爲了一個名副其實的完全超越經典前作的完美續篇.96年時MS的主要系統就已經接近完美,SNK所要做的就是加入更多的噱頭來使遊戲性進一步增強.加入的兩名女性角色似乎更受歡迎,而乘物也不僅僅只有Metal Slug了,飛機,步行機械以及那個裝備了多管機槍的駱駝每一個都是個性十足.令人驚喜的是MS2有了一個完整的劇情,從X軍的襲擊到外星人的登場,SNK出衆的編劇策劃能力展露無疑.
在一切結束後,過了兩年,正規軍參謀本部接見MARCO和TARMA,他們發現MORDEN的馀黨勢力似乎正在醞釀中,恐怕會造成第二波的反叛行動。不但世界各地開始引發一些小型的活動,而且這些小型活動的主使也開始聯合嘗試組織化....,。據各地的來到情報顯示,morden的勢力極有可能又再次複籃..….但是,MORDEN不是失蹤了嗎?兩年內,從未得知他的消息。MARCO和TARMA倒很清楚該怎麽做,他們自願再組隊出擊,以秘密突擊的方式。參謀本部自然同意了他們的作法,但是,他們擔心這是一場過於艱難的任務,不是兩個人就可肩負得了的,於是,他們推薦正規軍情報部的特殊工作隊-SPARROWS,那兒將會派遣兩人來支援。此次任務,即2 MISSION,是四人的共同作戰。作戰即將出發的當天,SPARROWS的兩位士兵來會合了.....,令他們驚訝的是,是兩位女性。
「我是笠本英裏,二等兵。叫我ERI(英裏)就可以了。」「聽呃...嗯,真的很榮幸見到你們兩位前次大戰的英雄,我是SPARROWS的FIOLINA GERMI,一等兵。我是第一次參加這種大規模的作戰行動.…但我沒問題的。希望大家一起加油,多多指教了。」「喔喔.…MARCO,這次可以和這樣的女性一起作戰呐。」瞭「都到這時候還說什麽,時間到了。MISSIONSTART!J
打壓作戰就這樣開始了,但他們還不知道隱藏在這次行動中,MORDEN請來的危機...