寶可夢遊戲每次發布都會出現兩個版本，每個版本都做一些限定寶可夢，吸引玩家去聯機交換，朱紫也不例外，兩個版本各有各的特殊寶可夢，神獸、悖謬寶可夢以及一些普通寶可夢都有區分。
寶可夢朱紫版本限定精靈介紹
一、一階進化寶可夢（只能進化一次）
1、朱版擁有天蠍、飄飄球、臭鼬噗、垃垃藻以及他們的進化型，其中兩個毒系兩個飛行系。
2、紫版擁有長尾怪手、夢妖、鐵臂槍蝦、溶食獸以及他們的進化型，四個都是單屬性寶可夢，分別爲普通、幽靈、水、毒。
二、形態變化寶可夢
1、朱版擁有肯泰羅帕底亞形態（格鬥火），紫版則是肯泰羅帕底亞形態（格鬥水）。
2、炭小侍在兩個版本擁有不同進化型，朱版爲紅蓮铠騎（火超能），紫版爲蒼炎刃鬼（火幽靈）。
三、無進化型寶可夢
1、朱版擁有智揮猩、巨石丁、古月鳥，其中智揮猩在日月也是其中一版本的限定。
2、紫版擁有投擲猴、冰砌鵝、莫魯貝可，投擲猴正是在智揮猩另一版本限定的寶可夢。
四、准神寶可夢
1、朱版爲班基拉斯和三首惡龍一家，兩位惡屬性准神，班基拉斯更是對戰大熱門天氣手。
2、紫版則是暴飛龍和多龍巴魯托一家，兩位頂級龍系准神，使用率居高不下，多龍在八代的選取率更是斷崖式領先一衆准神。
五、悖謬寶可夢
1、朱版有雄偉牙、吼叫尾、猛惡菇、振翼發、爬地翅、沙鐵皮、轟鳴月和波蕩水，AI博士用的就是其中六只。
2、紫版則是鐵轍迹、鐵包袱、鐵臂膀、鐵脖頸、鐵毒蛾、鐵荊棘、鐵武者和鐵斑葉，總感覺紫版的悖謬強一點，好些都是對戰常客。
六、傳說寶可夢
1、朱版封面神獸故勒頓，格鬥加龍，物攻爲主，朱版圖鑒記載它爲翼大王本尊。
2、紫版封面神獸密勒頓，電加龍，特攻爲主，紫版圖鑒記載爲傳中的鐵大蛇。
PS：朱紫玩家與另一版本玩家遊玩太晶團體戰或聯盟集友圈時，可以遇見和捕捉另一版本限定的寶可夢。
