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二周目開始從二樓下來得知博士找主角，去到研究所得到船票
飛到淺蔥市的港口，遇到大木博士，圖鑒升級爲全國版，同時坐上前往關東地區枯葉市的豪華遊輪
剛進船艙就遇到一個尋找孫女的爺爺，幫老人家一下吧
下到艙底不讓過回到入口的右邊船艙裏叫醒偷懶的船員
從艙底下到最底層，在船長室裏找到小女孩，女孩還要玩個捉迷藏
回到艙底的左側找到女孩交給老爺爺，獲得金屬外套
同時船也到達枯葉市了，剛上岸又遇到水君（第四次遇到水君），居然從城都跟到關東了，結果是又跑了
把枯葉市作爲征服關東的第一關，去挑戰道館，和前作一樣在垃圾桶裏找到兩個機關就能打開電門（建議找到一個先存檔）
館主：馬志士
使用寶可夢
Lv51
Lv47
Lv47 Lv47
Lv53
獲得橙色徽章和TM34-電擊波
枯葉市東面11號路被卡比獸擋住暫時過不去，往北邊6號路出發來到山吹市，超能叔叔家可以拿到TM29-精神幹擾
