遊戲一開始，系統會從55個問題中抽取8個問題對你進行性格測試，外加1個性別問題，然後根據測試結果決定主角PM。之後選擇隊友，在赤之救助隊中，已選擇的主角PM和水系PM不能選擇。
第一關
故事開始在森林中，主角被隊友叫醒後，系統會提示你輸入你的名字。完成後，一只巴大蝴飛了過來，要求我們救出迷宮中的綠毛蟲。對話結束後主角就會進入第一個迷宮。由于是第一個迷宮，難度不是很大，主要是讓玩家熟悉操作，因此還是多在這裏轉轉熟悉操作順便練級吧。迷宮中出現的PM有：波波，向日種子，刺尾蟲，蛋蛋。過了3F就會遇到綠毛蟲，任務結束，巴大蝴會給主角3個果實作爲答謝物品。
★小提示：如果你在冒險中倒下的話，是會損失金錢和道具的。
然後隊友會帶主角回到自己的家裏，接著要求給救助郵箱取名字，之後提示存檔和睡覺。醒來後到門口不能出去，只能回床上再睡一天。
第二關
醒來後離開房子，在對話中得到一封小磁怪的求助信，要去救出小磁怪的兄弟。對話結束後，向下走即可前往救助地點(主線劇情所需要前往的地點前會有個"GO"字)。
第二個迷宮是發電廠，出現的PM有小拉達，土狼犬，尼多蘭，雷電球，電擊怪和正電兔，注意主角可能會被麻痹。迷宮中會有些綠色的箭頭，走過去可以回複下降的能力。在6F會看到小磁怪，任務完成，並且獲得兩個道具。
每完成一個任務，系統都會提示你存檔並且睡覺。醒來後出門調查郵箱，隊友出現，並帶你去參觀這個小鎮。這是小鎮內主要的設施有：變色龍開的道具店，貓老大開的銀行，毒布丁開的技能融合屋，袋龍開的道具存放處。向小鎮的右邊走是大嘴鷗的郵局，郵局的外面有一個公告板，在這裏可以接受委托。因爲目前沒有什麽任務，所以先去公告板那裏接下5個任務並且完成。
5個任務都不是很難，主要是尋找某某PM或者收集某某道具。需要注意的是，如果該層有救助對象，那麽在進入該層的時候，系統會發出"叮"的一聲並且有對話框提示。需要救助的PM的特征是，PM下方有個黃圈圈，不會攻擊你，到處亂跑。上去點中它後即可完成任務。
第三關
當主角正在做夢時，發生了地震，主角醒來後三地鼠出現。接受三地鼠的求助，即可向第三個迷宮前進了。
第三個迷宮有9層，出現的PM有：天平偶，蛇紋熊，可可多拉，烈雀，小拳石，瑪沙那，巴爾郎。到達9F後鋼鳥出現，接著是BOSS戰，擊敗鋼鳥後地鼠獲救，任務完成。
回到小鎮，對話結束後，胖可丁的友誼園地在小鎮中心開張了。接著去友誼園地對話，對話完畢後正想離開，觸發了FLB(由胡地、巨大甲龍和噴火龍組成的隊伍)劇情。
對話結束後可以去其他迷宮進行委托任務，當積累一定經驗後即可繼續觸發主線劇情。在以後的劇情中，還會出現這種"空閑"的狀態，多去做做支線任務吧。
第四關
以耿鬼爲首的惡之救助隊找上門來了，對話結束後隊友發現郵箱裏的信件全沒了，此時大嘴鷗又送來了信件，繼續執行任務吧。
完成任務後，綠毛蟲和耿鬼再次出現，主角接受了綠毛蟲的求助，第四個迷宮出現。
第四個迷宮的層數增加到13層，出現的精靈有：胡說樹，小山豬，向日花怪，走路草，尾立，甲殼蛹，頓甲繭，蘑蘑菇，直沖熊，芭瓢蟲，飛天螳螂，烏波，懶人猿，椰蛋樹，咕咕。當到達13F時耿鬼一行出現了，作爲BOSS登場，接下來是BOSS戰。解決掉他們之後，鐵甲蛹出現，任務完成。
第五關
第二天剛出門就遇到毽子草，接受毽子草的委托，新的迷宮出現。
第五個迷宮有10層，出現的PM有：臭臭花，熊寶寶，洋洋蜻蜓，獨角蟲，大蔥鴨，毒粉蝶，蚊香蝌蚪，戴魯比，大鄂蟻，線球，派拉斯，迷宮中會出現水坑，水系或飛行系PM可以在水面上移動。來到最底層遇到毽子草和倒下的天木狗，接著遇到閃電鳥。對話結束後，任務完成，新迷宮出現。
第六關
次日起床後前往第六個迷宮。這個迷宮有11層，出現的PM有：尼多朗，沙漠奈亞，落雷獸，獨角蟲，比比鳥，驚角鹿，大針蜂，電擊獸，電龍，天蠍，雷電獸，卡迪狗。在11F有一個袋龍雕像，在這裏可以進行存檔。
繼續前進，進入下一個迷宮，共3層，出現的PM同前面基本一樣。在最底層遇到閃電鳥，BOSS戰開始。
打敗閃電鳥後FLB出現，對話後閃電鳥飛走，天木狗被送回去了，對話後回到家裏。
第七關
醒來後前往新的迷宮，共13層，出現的PM有：小小象，土龍弟弟，毽子花，嘟嘟，霸王花，鬥笠菇，夢歌奈亞，黑暗鴉，貓頭夜鷹，阿力多斯，赫拉克羅斯，黑魯加，肯泰羅。在13F看到天然鳥，對話後任務完成。
第八關
出門後來到小鎮中心，遇到荷葉童、布魯和喇叭芽，對話後向上走來到地震鲶魚所在的池塘，進行對話，選項選"是"，對話後返回家裏睡覺覺，觸發劇情。
第二天，來到小鎮中心，觸發劇情，耿鬼誣陷了主角。之後回到家裏，正想進門FLB又出現了，對話後任務觸發，新迷宮出現。
次日起來，與隊友對話，選擇バツチリ，決定揭開事情的真相。然後，被主角救過的PM都來送行。
一路上發生了很多怪事，例如裂開的地面，爆發的火山等等。之後主角來到了第八個迷宮。這個迷宮有14層，出現的PM有：土居忍士，超音蝠，尼多娜，甜甜螢，尼多力諾，蔓藤怪，寶貝龍，大嘴蝠。
走出迷宮後發生劇情，並且來到下一個迷宮，主角可以在洞口處存檔。進入迷宮前會提問是否進入，然後是進入哪個迷宮。
選第二個迷宮，共4層，在通往5F的樓梯時會從入口出來，隨後提示選第一個迷宮。這裏出現的PM有超音蝠，尼多力諾，呆火駝，比雕，尼多娜。
選第一個迷宮，共12層，出現的精靈有：比雕，呆火駝，熔岩蟲，小鴨嘴龍，壺壺，煤炭龜，烈焰馬。
在底層可以進行存檔，之後進入下一個迷宮。共3層，出現的精靈有：大嘴雀，風速狗。
在3F觸發劇情，火焰鳥登場，接著是BOSS戰。打敗火焰鳥後第八關劇情完成。
★小提示：在擊敗火焰鳥、閃電鳥和急凍鳥等神獸時，它們都有一定幾率會加入你的隊伍，不知你有沒有把握好機會呢?
第九關
主角繼續前進，途中遇到災獸，不過它又跑掉了。在迷宮入口處同樣可以存檔。
進去前仍會問你進哪個迷宮：
第二個迷宮共4層，和前面一樣，在底層會返回入口並且進入第一個迷宮。這裏出現的PM有：露力麗，大尾立，朝北鼻，榛果球。
第一個迷宮共10層，出現的PM有：露力麗，大尾立，朝北鼻，長毛豬，百變怪，大狼犬，可多拉，雪童子。
在10F可以進行存檔，繼續前進即可到達下一個迷宮。迷宮共5層，出現的PM有：屬怪，鐵甲犀牛。在底層觸發劇情，急凍鳥登場，接著是BOSS戰。
打敗急凍鳥後災獸出現，急凍鳥飛走後，災獸想加入隊伍，選擇"是"即可白得一只精靈。
第十關
來到第十個迷宮前，同之前一樣，會問你要進哪個迷宮。
進入第二個選項的迷宮，總共有4層，到達底層後一樣會返回入口。出現的精靈有：露力麗，大尾立，朝北鼻，榛果球。
第一個迷宮共15層，出現的精靈有：甲殼龍，青眠鳥，榛果球，小海獅，過動猿，貓鼬斬，風鈴鈴，飯匙蛇，請假王。
到達底層又是一袋龍雕像，後面仍是迷宮。共5層。出現的精靈有：冰鬼護。到達底層後觸發劇情，FLB出現，兩邊打了起來(胡地居然玩起了肉搏戰……)，隨後九尾出現並制止。
對話後回到小鎮中心，觸發劇情。耿鬼的謊言被揭穿，灰溜溜地走了。第十關完成。
第十一關
第十關結束後，B、C、D級別的任務出現了，難度增大了不少，努力去完成吧。
主角又做夢了，之後發生地震。出門後遇到果然翁和果然寶寶，對話後便走了。去看公告板，接下C級的"マンキ-"をこらしめてくれ!"任務，果然翁它們再次出現，新的迷宮出現。
第十一個迷宮共10層，出現的PM有：毛球，橡實果，毒薔薇，長鼻葉，猴怪。在底層遇到3之猴怪，接著進行戰鬥，解決後任務完成，回到小鎮。一番對話後衆PM決定將主角的房子裝修裝修。
第二天在門口發現猴怪，對話後得知猴怪搖·ガグリ才肯改造。如果主角身上有イガグリ，選第一項給它們。接著它們還會再要一個イガグリ，在其提示的迷宮的9F中找到這個黃褐色毛茸茸的道具後給它們，即可進行裝修了。
第十二關
裝修完後沒什麽事情做，先去做做任務吧。
主角醒來時又發生了地震，來到小鎮中心，觸發劇情。此後仍沒有什麽事做，繼續去接支線任務吧。
一日，又發生了地震，去小鎮中心觸發劇情，主角接受任務。准備好後與隊友對話，選バッチリ即可出發了。
第十二關的迷宮共26層，在24F可以存檔。到達底層時遇到FLB的巨大甲龍和噴火龍，繼續前進，看到胡地，之後古拉頓出現，BOSS戰開始。之後是一段對話，任務完成。
★小提示：此時，迷宮的難度明顯增強，野生精靈更耐打了，建議各位不要急著通關，先去練練級吧。
第十三關
次日，劇情自動觸發，主角來到天然鳥那裏，對話後主角被傳送到了新的迷宮中。這個迷宮共35層，在26F可以存檔。在底層遇到天空之龍 ,激戰!
接下來是一段長長的對話，遊戲到此通關。
★通關後遊戲並不會結束，相反，這正是新的開始。通關後會有其他新要素出現，例如進化PM、捕捉神獸等，口袋吧會爲您提供相關的資料。
通關後劇情--神獸捕捉旅
★通關後的劇情是隨機觸發的，下面按照整理後的順序解說一下劇情。
通關後，去中心上方的地震鲶魚池塘，對話後進化洞開啓。進化洞只允許一個人進去。
洞內有一水晶，對話，問你是否要進化，選第一項，確定要進化。然後又出現3個選項，第一個是等級進化，第二個是用道具進化，第三個是放棄。如果你的等級或者裝備的道具達到要求，就可以進化了。有2段進化的PM需要進化2次。
★讓隊伍變成一個人的方法：通關後隨便去一個迷宮，出來後同伴就會回到他的園地裏去了。
★更換隊長：到園地裏找到你想要它當隊長的PM，對話選第一項，先讓他加入你的隊伍。再對話，選第二項"リ ±-にする"即可。
在屋子旁遇到愈加王，對話後再到中心廣場與荷葉童子對話，再前往池塘與地震鲶魚對話，得到技能ダイビング(潛水)。之後就可以去あらしの かいいき迷宮冒險了，共40層，最底層是海皇牙，BOSS戰。
得到ダイビング(潛水)後，たいようの どうくつ 迷宮出現，第20F中有一塊被水包圍的地方，在那裏可以拿到招式なみのり(沖浪)。
得到なみのり(沖浪)後，在廣場遇到圈圈兔，對話後得到とうめいな はね，之後去おおいなる きょうこく，13F，在底層找到天然鳥，讓你去ほのおの だいち迷宮。
ほのおの だいち共30層，在底層遇到炎帝，BOSS戰。
戰勝炎帝後イナズマの だいち迷宮出現，30層，底層遇到雷皇，BOSS戰。
將它打敗後きたかぜの だいち出現，30層，底層遇到水君，戰勝後取得なないろの はね(七彩羽毛)，はるかなる れいほう迷宮開啓。
拿著なないろの はね(七彩羽毛)去はるかなる れいほう迷宮，40層，底層是鳳凰，BOSS戰。回到廣場遇到圈圈兔，對話，任務完成。另外第二次去可以入手鳳王
入手鳳王之後觸發新劇情，にしの どうくつ迷宮出現，一共99層，頂層是超夢，BOSS戰。購買超夢的友誼園地後，再次打倒它就會加入隊伍。
去胖丁那裏購買水都的友誼園地(みなみの ことう)，一天後發生地震，觸發水都劇情，きたの さんみやくへ迷宮出現，共25F，底層可遇到藍水都。
打倒藍水督後回到廣場觸發劇情，ならくの たに迷宮開啓，仍是25F，底層可遇到紅水都。
某日大嘴鷗送來任務信，接收後到中心廣場與木天狗對話，ちてい いせき迷宮出現，一共99層。在15F、25F、35F分別遇到岩神柱、冰神柱和鋼神柱，打敗他們後分別得到ロツパーツ、アイスパーツ和スチゥパーツ。這三個道具可以合成ゥゴール(八音盒)，帶著它在36F以後冒險便會隨機遇到夢幻。
如果通關前沒抓3神鳥的話，可以在ほのおの やま、じゅひょうの もり、ライメイの やま這3個迷宮的最底層捕獲它們。全部捕捉後先去拜訪胡地,隨後去它們的友誼園地，觸發劇情，得到うずしおの いし，新迷宮ぎんの かいこう出現。再到其他園地找到水系PM並邀請加入隊伍，即可前往ぎんの かいこう了。ぎんの かいこう共99層，底層是路基亞，BOSS戰。
路基亞加入隊伍後，天然鳥出現在主角的房子前，對話，迷宮いんせきの どうくつ出現。如果身上的道具多于3個則不能進入該迷宮。いんせきの どうくつ共20層，底層是迪奧西斯，BOSS戰。
某日，獎勵爲友誼園地的任務出現(おれい：ともだちエリア)，完成這種任務，直到獲得畫畫犬的園地(あおぞら そうげん)。
得到畫畫犬的園地後，到公告板處接ドーブル任務，とおぼえ迷宮開啓，可以抓到畫畫犬，對話後加入隊伍。此後到園地裏找到畫畫犬，對話後隨便去一個迷宮，出來後就會發現畫畫犬已經幫你畫了一個新的棋子了。
某日遇到愈加王和阿柏蛇，對話。一段時間後，公告板上出現愈加王的任務，接下後新迷宮ねがいの どうくつ出現。共99層，在20F遇到愈加王，帶回中心後即可完成任務。在99F是吉拉丘。
某日，遇到阿柏蛇和愈加王，對話。來到中心廣場，再次遇到阿柏蛇，對話後去ひょうせつの れいほう迷宮，通過它。
次日，耿鬼出現，再次去ひょうせつの れいほう迷宮，九尾出現，對話後新迷宮やみの どうくつ開啓，共20層，底層遇到超能女皇。對話後超能女皇加入隊伍。
★二周目劇情●完
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