真新鎮-最初的神奇寶貝
二周目結束後還是出現在家二樓，出門飛到關東地區的真新鎮，找大木博士，博士會送主角關東禦三家之一
Lv5
Lv5
Lv5
大吾與豐緣禦三家
還是關東地區，飛到山吹市，進西魯夫遺迹公司，遇到豐緣冠軍大吾，送主角豐緣禦三家之一
綠色石頭-Lv5
紅色石頭-Lv5
藍色石頭-Lv5
選完寶可夢大吾就走了，前往尼比市的科學博物館，再次見到大吾跟他對話
之後再回山吹市的西魯夫遺迹公司，大吾又回來了（瞬移），可以用
交換
空手大王信彥與巴爾郎
從圓朱市右側出發來到研缽山，從有三棵樹果的洞口進去，兩側沖浪，攀瀑上去
進洞後一路往右走，繼續沖浪奔跑，圖3處跳下去，繼續左跑，來到圖4處
不斷的沖浪奔跑後來到圖1處，進入地下一層去，找到圖2的樓梯
空手大王信彥就在這裏，與之對戰
使用寶可夢
Lv34
Lv34
獲勝後得到 Lv10
叉耳皮丘的故事
攜帶閃光+命運的邂逅的皮丘前往桐樹林，調查神廟
一只叉耳皮丘出現與閃光皮丘玩的不亦樂乎
之後出現森林管理員出現，對話後收服叉耳皮丘
交換日志
登錄馬志士電話號碼後（獲取方式見6樓）前往山吹市的列車站與其對話可以用
交換外國版的
登錄阿蜜電話號碼後（獲取方式見6樓）前往淺蔥道館與其對話可以用任意寶可夢交換
登錄小剛電話號碼後（獲取方式見6樓）在星期一、四、六的17：00-19：59的地鼠洞穴會碰到小剛，與其對話可以用
交換
呆呆獸之井續集
還記得桧皮鎮旁的呆呆獸之井嗎，再次探險下去
原先火箭隊站的地方可以通過了，進入廣闊的地下河，獲得王者之證
阿魯夫遺迹攻略
首先是遺迹上方的化石盔區域，在未知圖騰牆壁前使用穿洞繩可以打開密室房間，最終會掉到地面上布滿未知圖騰的密室
當拼好拼圖後會掉到充滿未知圖騰的房間，剛掉下就從研究所人員處獲得未知圖騰筆記
遺迹下方沖浪到化石翼龍區域，牆壁前使用閃光打開密室
另外兩個遺迹區域要從32號路的連接洞穴通過，進入地下一層
分岔路上方是鳳王區域，下方是菊石獸區域
先去上路，當隊伍中攜帶鳳王的時候調查牆壁就會打開密室
下路的菊石獸密室用道具水之石打開（略高端）
最後一個拼圖也搞定
當解開4個密室以及拼好4個拼圖，同時還要捕捉26種不同形態的未知圖騰後，前往遺迹研究所添加筆記記錄
之後返回阿魯夫遺迹洞穴調查發光石壁，研究員跑來說又有新發現，跟著回去
添加筆記到8頁後再次前往阿魯夫遺迹洞穴第一層，就可以遇到！和？形態的未知圖騰
最後在跟研究所人員對話，終于解開了阿魯夫遺迹的故事
附上一張28種未知圖騰
洛托姆的房間
在山吹市的西魯夫遺迹公司，原本電梯是故障進不去的
當攜帶洛托姆時候，公司裏一個人都沒有，同時可以進電梯並運行，會到達一個洛托姆的房間
當洛托姆分別裝進不同馬達時候就會變化形態（從左至右）
謝米與冰空的花束
當攜帶命運邂逅的謝米進入金黃道館隔壁的花店時候，會從工作人員那裏得到冰空的花束，白天對謝米使用後可以改變形態
