在《博德之門3》中，EA階段不允許玩家調整遊戲難度。然而，正式版上線後，遊戲提供了三種模式供玩家選擇。探索者模式適合那些剛接觸這類遊戲的新手玩家，他們可以在這種模式下專注于享受劇情，因爲戰鬥難度很低，隊友也不會主動參與戰鬥。平衡模式中規中矩，玩家可以同時享受劇情和戰鬥的樂趣。而硬核模式則更具挑戰性，適合有經驗的老玩家。在這個模式下，敵人的血量和戰鬥難度都很高。
遊戲中有三個難度等級可供選擇，分別是探索者、平衡和硬核模式。
探索者模式：
1、該模式的重點是體驗劇情，戰鬥難度最低，隊友幾乎是“活靶子”，必須花費一段時間才能將敵人擊敗。
2、在該模式下，玩家隊伍的起始經驗值爲2，交易物品的售價也會增加20%，非常適合新手玩家。
平衡模式：
這個模式的遊戲關卡難度較爲正常，野怪的血量設置也較爲合理，遊戲規則也符合標准，玩家可以同時享受劇情和戰鬥的樂趣。
硬核模式：
這是最高難度的模式，敵人的血量和屬性都會增加，戰鬥難度很大，適合有經驗的老玩家，具有一定的挑戰性。
