拳皇99千年之戰版手遊是一款非常熱血刺激的動作格鬥遊戲，你可以選擇喜歡的角色加入到這場盛大的對決之中，感受經典的街機元素操作熟悉的角色與不同的對手展開拳拳到肉的戰鬥，喜歡的朋友們快來下載吧。
一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K'是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K'的複制品，古力查利度在被K'擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶（其實他自己的記憶也是複制品）
KOF的故事在97年打倒大蛇後似乎就已經結束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份無從參考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放棄前作成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以CANCEL必殺技和超必殺。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
反擊模式閃後進攻時必殺技的速度加快，可以CANCEL必殺技，而必殺技可以CANCEL超必殺。可以無限發超必殺，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發MAX超必殺。反擊模式消失後能量槽也會消失一段時間，恢複後才能重新集氣。
防護模式不能發超必殺，閃後進攻可以CANCEL必殺技，特定人物閃後進攻可CANCEL閃後進攻，防護模式被攻擊後不會倒地，任何的攻擊都不會中斷。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
由于98已經將原來的路走到了極致，爲了再上台階，SNK大膽改變基本操作系統，將原來的側身閃避和緊急回避結合成閃避移動，並且在閃避過程中可以出招，進一步加大了系統的攻擊性。此外爆發方式改成了攻擊模式(COUNTER MODE)和裝甲模式(ARMOR MODE)，視實際情況可以自行選擇，要消耗全部三顆能量豆。護援系統的出現，使戰鬥變得更加撲朔迷離。適當運用護援，防守更如鐵壁，進攻更似尖刀，將原本與自己實力相當的對手一挑三也不在話下。
