《拳皇99工程版》是一款由拳皇99改編的經典街機格鬥遊戲。拳皇99工程版益智深受玩家們的喜愛，遊戲中加入白衣草稚京，boss級別的實力。玩家們自己試用感受下他的實力的吧，不會讓你失望的。
格鬥大會進入新的篇章"N.E.S.T.S"篇。一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K'是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K'的複制品，古力查利度在被K'擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶(其實他自己的記憶也是複制品)。
草薙京和八神庵亂入
八神庵
·以完整隊伍出戰 ·當戰勝五隊後，評分必須超過200分，甚至280分以上。
·達成以上條件後，戰勝最終BOSS。
·戰勝最終BOSS後，遊戲的評分在200分以上、280分以下時，隱藏人物 --- “八神庵”便會亂入向玩家發起挑戰。
草薙京
·以完整隊伍出戰 ·當戰勝五隊後，評分必須超過200分，甚至280分以上。
·達成以上條件後，戰勝最終BOSS。
·戰勝最終BOSS後，遊戲的評分在280分以上時，隱藏人物 --- “草薙京”便會亂入向玩家發起挑戰。
隱藏結局
本作中存有3個隱藏結局，2個特別結局，分別如下：
1.選主人公隊，打敗boss之後出現的真草薙京就會出現和其他隊打倒草薙京不一樣的劇情2.選餓狼傳說隊，用不知火舞KO最終boss，那麽之後就會出現餓狼隊的另一結局3.選超能力戰士隊，用椎拳崇KO最終boss，那麽之後超能力隊的結局會有一些變化4.隊伍中有草薙京(不能有八神庵，而且不能隨機選到)，會出現草薙京特有結局5.隊伍中有八神庵(不能有草薙京，而且不能隨機選到)，會出現八神庵特有結局5.3 選用京庵(MVS版專用秘籍)
選用草薙京
選人時必須有三個人物都選“?”(即隨機選人，當然最好是四個都選“?”，這樣機會會更大。)，如三個隨機角色中剛好同時出現K’、馬克西馬、二階堂紅丸、矢吹真吾、薇普、京-1、京-2這些人的其中任何三位的話，選擇此三人出戰並打敗對手，在勝利後屏幕會顯示調用京的指令。 · 在選人畫面，將光標移動到“?”處，按住開始鍵不放，再按如下順序移動方向：←→↑←↓→，太陽標志處出現京，現在就可以選他了。
選用八神庵
·選人時必須有三個人物都選“?”(即隨機選人，當然最好是四個都選“?”，這樣機會會更大。)，如三個隨機角色中剛好同時出現莉安娜、麻宮雅典娜、包、李香绯、金甲喚、全勳這些人的其中任何三位的話，選擇此三人出戰並打敗對手，在勝利後屏幕會顯示調用庵的指令。 在選人畫面，將光標移動到“?”處，按住開始鍵不放，再按如下順序移動方向：→←↑→↓←，月亮標志處出現八神庵，現在就可以選他了。
注：以上兩人家用模式下可以直接選用
選用最終boss
PS版：遊戲難度不限，選用任意角色將TEAM PLAY或SINGLE PLAY通關一次(可續關)，通關後存檔，接著進入VS模式或練習模式，在選人畫面按住START鍵後輸入BADC(即○、×、□、△)，成功的話boss(僅限第二形態)會出現在問號(隨機選人)下方注：DC版可直接使用(也僅限第二形態)
DC版隱藏援護
DC版的Xtra援護分別是：塞斯(セス，Seth)、瓦妮莎(ヴァネッサ，Vanessa)(注意這兩人的初次登場不是在2000，而是99EVO，這點更正下)、草薙京學生裝、雅典娜學生裝、神樂千鶴(神楽 ちづる)、山崎龍二(山崎 竜二，Ryuji Yamazaki)、比利卡恩(ビリー?カーン，Billy Kane)、大門五郎(大門 五郎，Goro Daimon)、阿爾弗雷德(アルフレッド，Alfred)、菲奧(フィオ，Fio)、天童凱(天童 凱，Gai Tendo)和霧島翔(霧島 翔，Syo Kirishima)其中塞斯和瓦妮莎是一開始就能用，而且不區分善版和惡版先買下草、小雅、千鶴、龍二、比利和大門的善版(通過Battle Ability購買，好像升Lv.1是800分)，之後再買下阿爾弗雷德和菲奧的善版(升Lv.1好像是2000分)，就可以買除阿和菲之外那六人的惡版，這六個惡版買下後就可以買阿和菲的惡版(注意買下後可以升級，最高Lv.3)至于凱和翔則必須通過DC機與NeoGeo Pocket(Color)聯動後才能使用，而且NGP(C)必須有The King Of Fighters Battle De Paradise的存檔，也有善版和惡版，不過不能升級，PC版的可以直接使用，PS2版則是所有Xtra援護都能直接使用
