拳皇99boss版是一款由拳皇99改編而來的街機格鬥遊戲，在遊戲中，您可以直接選擇以前版本的boss。拳皇99版中的角色主要得到了改進，遊戲畫面略有改進，技能更加豐富多彩。如果玩家在戰鬥中使用保護，他們的防禦更像是鐵牆，他們的攻擊更像是鋒利的刀。一個原本可以與自己的實力相媲美的對手的三場失利不是問題。
該遊戲背景與界面使用了古老的地下城風格，而遊戲中的人物使用了之前拳皇作品中的幾大主角制作而來，同時加入了全新的人物其中包括有金家潘的師傅、火焰K、冰女等，而遊戲中最大的亮點莫過于可以選擇使用BOSS進行戰鬥，另外遊戲還加入了創新的人物援助模式，而對于其他細節這裏不再一一做介紹了，喜歡的玩家就親自體驗下吧。
草薙京和八神庵亂入
八神庵
以完整隊伍出戰當戰勝五隊後，評分必須超過200分，甚至280分以上。
達成以上條件後，戰勝最終BOSS。
戰勝最終BOSS後，遊戲的評分在200分以上、280分以下時，隱藏人物---“八神庵”便會亂入向玩家發起挑戰。
草薙京
以完整隊伍出戰當戰勝五隊後，評分必須超過200分，甚至280分以上。
達成以上條件後，戰勝最終BOSS。
戰勝最終BOSS後，遊戲的評分在280分以上時，隱藏人物---“草薙京”便會亂入向玩家發起挑戰。
1、《拳皇99》放棄了《拳皇98》成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。
3、縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以CANCEL必殺技和超必殺。
4、《拳皇99》也首次引用了“援護系統”以及“攻擊模式”的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
5、在該作中，玩家需選擇4名角色，排序時的最後一名角色爲援護角色。通過消耗畫面下側的援護點使用援護攻擊。
6、當能量槽MAX時，可通過相應的按鍵發動攻擊模式或防禦模式，提升攻擊力。狀態結束後能量槽亦會消失，一段時間後才會再次出現。
7、攻擊模式下，回避移動攻擊中可取消出必殺技，還可以無限制使用超必殺技，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發動MAX超必殺。
8、防禦模式下，收到攻擊可立即恢複常態，防禦不會消耗防禦值，回避移動攻擊會將對手擊飛並可進行追打攻擊，且對手防禦回避移動攻擊時會消耗體力，但狀態中不可使用超必殺技。
