《拳皇99》是日本SNK公司于1999年發行的最新一款《拳皇》作品。KOF系列首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
KOF99的故事進入了NESTS篇，主人翁由一直以來的京換成了K’。
“召開KOF”——世界各地的格鬥家們又收到了邀請函。格鬥之王大會將再一次召開！但是這次的氣氛似乎有些不同。在招待者的背後，似乎完全沒有那種世界大會般規模的支持者。在格鬥家們覺得不可思議的時候，對戰形式又出現了新規定。
“對戰形式仍爲3對3，但大會采用援護戰鬥的形式。”
“援護戰鬥！”，聽到這個陌生名詞的格鬥家們掩飾不住臉上的困惑。感覺到有些火藥味的哈迪倫示意拉爾夫等人參加戰鬥，查明大會開展的真相。
其中，二階堂紅丸也作爲特別隊的一員收到了邀請，預備出席KOF。隊友的名字是K’以及馬克西瑪（MAXIMA）。但是在以前的格鬥界中，紅丸對這兩個名字聞所未聞。滿懷心事的紅丸以及格鬥家們分別動身前往指定地點，他們心中充滿疑惑——援護模式是什麽？這次舉辦的大會又有什麽內幕？滿是謎團的KOF即將再掀風雨！
在KOF99大會開始不久，世界各地出現大批克隆人戰士和改造人戰士出現，它們的背後，是陰森龐大的神秘組織——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。
京和庵的足迹已成傳說。真正的京，到底在哪裏？庵呢？那OROCHI空間毀天滅地的一戰，到底換來了怎樣一個結局？
KOF的故事在97年打倒大蛇後似乎就已經結束了。K'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K'的身份無從參考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放棄前作成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以CANCEL必殺技和超必殺。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
反擊模式閃後進攻時必殺技的速度加快，可以CANCEL必殺技，而必殺技可以CANCEL超必殺。可以無限發超必殺，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發MAX超必殺。反擊模式消失後能量槽也會消失一段時間，恢複後才能重新集氣。
防護模式不能發超必殺，閃後進攻可以CANCEL必殺技，特定人物閃後進攻可CANCEL閃後進攻，防護模式被攻擊後不會倒地，任何的攻擊都不會中斷。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
