拳皇99千年之戰set2這是一款經典的街機遊戲，格鬥大會進入新的篇章N.E.S.T.S篇。一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K'是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K'的複制品，古力查利度在被K'擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶。
沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。
取消了能量槽的繼承系統。
縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。
首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
KOF99的故事進入了NESTS篇，主人翁由一直以來的京換成了K’。
“召開KOF”——世界各地的格鬥家們又收到了邀請函。格鬥之王大會將再一次召開！但是這次的氣氛似乎有些不同。在招待者的背後，似乎完全沒有那種世界大會般規模的支持者。在格鬥家們覺得不可思議的時候，對戰形式又出現了新規定。
“對戰形式仍爲3對3，但大會采用援護戰鬥的形式。”
“援護戰鬥！”，聽到這個陌生名詞的格鬥家們掩飾不住臉上的困惑。感覺到有些火藥味的哈迪倫示意拉爾夫等人參加戰鬥，查明大會開展的真相。
其中，二階堂紅丸也作爲特別隊的一員收到了邀請，預備出席KOF。隊友的名字是K’以及馬克西瑪（MAXIMA）。但是在以前的格鬥界中，紅丸對這兩個名字聞所未聞。滿懷心事的紅丸以及格鬥家們分別動身前往指定地點，他們心中充滿疑惑——援護模式是什麽？這次舉辦的大會又有什麽內幕？滿是謎團的KOF即將再掀風雨！
在KOF99大會開始不久，世界各地出現大批克隆人戰士和改造人戰士出現，它們的背後，是陰森龐大的神秘組織——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京。
京和庵的足迹已成傳說。真正的京，到底在哪裏？庵呢？那OROCHI空間毀天滅地的一戰，到底換來了怎樣一個結局？
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KOF99是SNK拳皇新的篇章。更新了KOF98的系統，增加了援護、CONTER模式等新要素。由于98已經將原來的路走到了極致，爲了再上台階，SNK大膽改變基本操作系統，將原來的側身閃避和緊急回避結合成閃避移動，並且在閃避過程中可以出招，進一步加大了系統的攻擊性。此外爆發方式改成了攻擊模式(COUNTER MODE)和裝甲模式(ARMOR MODE)，視實際情況可以自行選擇，要消耗全部三顆能量豆。護援系統的出現，使戰鬥變得更加撲朔迷離。適當運用護援，防守更如鐵壁，進攻更似尖刀，將原本與自己實力相當的對手一挑三也不在話下。
