《拳皇99千年之戰》是一款經典的街機遊戲，格鬥大會進入新的篇章N.E.S.T.S篇。一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K'是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K'的複制品，古力查利度在被K'擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶（其實他自己的記憶也是複制品）。
沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。
取消了能量槽的繼承系統。
縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。
首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
“KOF 99”的主人公由草雉京換成了K，故事情節也完全重新展開。今年舉辦了KOF大會，並向世界各地的格鬥家送去請貼，但是與往屆不同，這次的反響並非強烈，並且大會試用了新的規則……“對戰形式仍爲3對3，但大會采用STRIKER MATCH形式。”這是舉辦方的要求，也就是再加入一名參賽者。從沒聽說過STRIKER MATCH的格鬥家爲弄清真象向舉辦地出發了。
實際上這次大會是由神秘組的首領KRIZALID舉辦的。他通過舉辦KOF大會，收集各地格鬥家的數據，並克隆人爲已驅使，並妄圖使世界陷入恐怖危機之中。
結果他自己卻也是個克隆人，是K的數據的産物，被擊敗的KRIZALID得知此驚愕的事實後在失意中死去，但究竟這個神秘組織的目的是什麽呢，2000中會有新的答案。
最值得注意的是追加的要素STRICKER系統的導入。
在“KOF 99”下選擇四人組隊，一個人作爲後備的系統。在戰鬥中通過消費畫面下方的STRIK BOMB呼出後備人物負責援護攻擊。另外，在呼出後一定時間內主角的下半身處于無敵狀態(無敵範圍根據主角不同而有差異)。
呼出攻擊時，敵人的攻擊無效。對使用一方來說是十分有利的戰法，而且援護攻擊威力較大。另外，本作沿用ADVANCED MODE系統，但沒有能量積攢設定。在能量格三格全滿時，有通過設定鍵全部消費的可能，在一定時間內可隨意使用超必殺技，熟練使用對戰鬥十分有利。
