拳皇99是最令朋友們心儀的遊戲之一，因爲在這個遊戲中，所有的關卡都已經被解鎖了。你可以在這個遊戲世界中盡情地使用全部的任務來進行對戰，每個角色的憤怒點滿了之後就可以施放超強的終結技。當你受到攻擊或反擊敵人的時候，你的角色也會得到一些額外的能量。如果你能夠正確地使用這些能量的話，那麽你就有機會在比賽中獲勝。最終，你將能夠開啓更加高端的比賽模式！
拳皇99(kof'99-千年之戰)是snk拳皇新的篇章。更新了kof98的系統，增加了援護、conter模式等新要素。由于98已經將原來的路走到了極致，爲了再上台階，snk大膽改變基本操作系統，將原來的側身閃避和緊急回避結合成閃避移動，並且在閃避過程中可以出招，進一步加大了系統的攻擊性。此外爆發方式改成了攻擊模式(counter mode)和裝甲模式(armor mode)，視實際情況可以自行選擇，要消耗全部三顆能量豆。護援系統的出現，使戰鬥變得更加撲朔迷離。適當運用護援，防守更如鐵壁，進攻更似尖刀，將原本與自己實力相當的對手一挑三也不在話下。
a：輕拳
b：輕腿
c：重拳
d：重腿
前沖：→→後退：←←
小跳躍：向上方短按↖或↑或↗
中跳躍：沖刺中按↖或↑或↗
大跳躍：沖刺中按住↖或↗
防衛並緊急回避-前方：防衛中→+ab同時按（消費能量）
防衛並緊急回避-後方：防衛中←+ab同時按（消費能量）
特殊攻擊：cd同時按
防衛並特殊攻擊：防衛中cd同時按（消費能量）
防衛彈開：給與防衛中的對手一定時間的連續攻擊
投技：前行靠近對方→+c
受身：倒地前按ab同時按
striker系統：bc同時按“可得到同伴的幫助”
閃避移動-前方（後方）：→或←+ab同時按“可在閃避的狀況下前進攻擊”
反擊模式：abc同時按要求體力紅色“可無限制使用超必殺，某些必殺技可接超必殺(且威力增強)，但即使紅血狀態下也不能發動max超必殺”
裝甲模式：bcd同時按要求體力黃色“防衛超必殺不減血、受到攻擊不[太]後退、可移動攻擊，但不能發超殺，但→ab攻擊力增強”
瀕死狀態：當某人體力低于1/8的時候，血槽周邊框會出現紅色閃爍，你就進入了瀕死狀態，此時所有的普通超必殺都將變成max超必殺。
挑勃對手：start鍵
本作中存有3個隱藏結局，2個特別結局，分別如下：
1.隊伍中有草薙京（不能有八神庵，而且不能隨機選到），會出現草薙京特有結局
2.隊伍中有八神庵（不能有草薙京，而且不能隨機選到），會出現八神庵特有結局
3.選餓狼傳說隊，用不知火舞ko最終boss，那麽之後就會出現餓狼隊的另一結局
4.選超能力戰士隊，用椎拳崇ko最終boss，那麽之後超能力隊的結局會有一些變化
5.選主人公隊，打敗boss之後出現的真草薙京就會出現和其他隊打倒草薙京不一樣的劇情
選用京庵（mvs版專用秘籍）
選用八神庵
選人時必須有三個人物都選“？”（即隨機選人，當然最好是四個都選“？”，這樣機會會更大。），如三個隨機角色中剛好同時出現莉安娜、麻宮雅典娜、包、李香绯、金甲喚、全勳這些人的其中任何三位的話，選擇此三人出戰並打敗對手，在勝利後屏幕會顯示調用庵的指令。在選人畫面，將光標移動到“？”處，按住開始鍵不放，再按如下順序移動方向：→←↑→↓←，月亮標志處出現八神庵，現在就可以選他了。
選用草薙京
選人時必須有三個人物都選“？”（即隨機選人，當然最好是四個都選“？”，這樣機會會更大。），如三個隨機角色中剛好同時出現k’、馬克西馬、二階堂紅丸、矢吹真吾、薇普、京-1、京-2這些人的其中任何三位的話，選擇此三人出戰並打敗對手，在勝利後屏幕會顯示調用京的指令。在選人畫面，將光標移動到“？”處，按住開始鍵不放，再按如下順序移動方向：←→↑←↓→，太陽標志處出現京，現在就可以選他了。
注：以上兩人家用模式下可以直接選用
kof的故事在97年打倒大蛇後似乎就已經結束了。k'也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，k'的身份無從參考，似乎是whip的弟弟?kof99再次放棄前作成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。
縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以cancel必殺技和超必殺。kof系列也首次引入striker和super cancel的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
反擊模式閃後進攻時必殺技的速度加快，可以cancel必殺技，而必殺技可以cancel超必殺。可以無限發超必殺，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發max超必殺。反擊模式消失後能量槽也會消失一段時間，恢複後才能重新集氣。
防護模式不能發超必殺，閃後進攻可以cancel必殺技，特定人物閃後進攻可cancel閃後進攻，防護模式被攻擊後不會倒地，任何的攻擊都不會中斷。
對戰模式也更改爲4vs4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
