拳皇2003臥虎藏龍是一款格鬥非常刺激的動作類遊戲，遊戲玩法多樣，在遊戲中玩家們可以選擇自己喜歡的模式進行戰鬥，遊戲中的角色也是有很多，供大家選擇。加入了臨界血量系統，當角色生命值低于一定值時，將進入臨界血量，並獲得額外的加成和特殊效果，讓比賽變得更加刺激。每個角色都有各自的臥虎藏龍技能，使用對手出其不意，創造機會，並予以致命打擊。
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手感：遊戲的大體手感與2001的差別不是很大，但是由于不少角色的技能性質發生的變化導致出招節奏也隨之變化。
平衡性：本作遊戲的平衡性並不那麽理想。基本所有角色都比原版本中強化不少，某些特定角色更是進行了大幅強化，例如八神的地波發動階段將硬直改爲了無敵、瑪麗夾腿後可以接台風、紅丸轉腿後不會後跳等等。
傷害：遊戲中的角色傷害都增加了不少，普通的拳腳攻擊傷害甚至比97還高，必殺就更不用說了。基本任何角色都可以一套傷害打下大半管血。
拳皇2003臥虎藏龍是在MVS基板上制作的KOF系列最後一部作品，拳皇2003(KOF2003)依然繼承了三對三的組隊模式，不過拳皇2003對戰模式發生了變化，三名隊員同時上場，玩家們可以看到畫面中體現的是三排血槽，可是對戰時間依然還是60秒，第一位隊員被擊敗後，下一個隊員會立即登場，直到KO對方三名隊員，或者是時間結束。
BOSS和結局拳皇2003有2個最終boss，一個是艾迪爾海德·伯恩斯坦，另一個是無界
打出他們的條件
1、第4戰面對幻草薙京，如果用消耗能量的攻擊（換人攻擊也算的）打死他，那麽最終boss就是無界；反之則是艾迪爾海德·伯恩斯坦。
2、而遊戲的結局乃至官方完整隊伍結局則必須擊敗無界後才能看到；若最終boss是艾迪爾海德·伯恩斯坦，那麽打倒他後直接宣布“game over”。
