拳皇99千年之戰99rom手機移植版“召開KOF”——世界各地的格鬥家們又收到了邀請函。格鬥之王大會將再一次召開！但是這次的氣氛似乎有些不同。在招待者的背後，似乎完全沒有那種世界大會般規模的支持者。在格鬥家們覺得不可思議的時候，對戰形式又出現了新規定。“對戰形式仍爲3對3，但大會采用援護戰鬥的形式。”“援護戰鬥！”
拳皇99千年之戰99rom手機移植版安裝運行非常簡單，比起pc版省去了非常多的麻煩。因爲拳皇99千年之戰99rom手機移植版只要安裝了遊戲的apk文件，裏面內置了相關的模擬器，一鍵傻瓜式的就可以啓動遊戲，運行遊戲，玩遊戲。
一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K"#39;是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K"#39;的複制品，古力查利度在被K"#39;擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶（其實他自己的記憶也是複制品）
KOF的故事在97年打倒大蛇後似乎就已經結束了。K"#39;也接替了草薙京以及八神庵的主角地位，K"#39;的身份無從參考，似乎是WHIP的弟弟？KOF99再次放棄前作成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。
縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以CANCEL必殺技和超必殺。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。反擊模式閃後進攻時必殺技的速度加快，可以CANCEL必殺技，而必殺技可以CANCEL超必殺。可以無限發超必殺，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發MAX超必殺。
反擊模式消失後能量槽也會消失一段時間，恢複後才能重新集氣。防護模式不能發超必殺，閃後進攻可以CANCEL必殺技，特定人物閃後進攻可CANCEL閃後進攻，防護模式被攻擊後不會倒地，任何的攻擊都不會中斷。對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
