拳皇96綠色版是一款延續街機格鬥玩法打造的動作遊戲。本作在系統設定上摒棄了前作成熟的系統設定，側身回避這一設定修改爲緊急回避，側身回避只供指定人物使用，且無敵時間變短，同時追加了更加華麗的MAX超必殺。
"ldquo;KOF"#39;96"rdquo;大會，不再是像以前一樣神秘的大會，而是由數家巨大的企業公司作爲第三方贊助舉行的全世界級規模的正式大會。
在世界各地召開預選大會，選拔出來的9組強豪的隊伍，當然，他們理所當然的都是曾經的KOF常客，他們正期待著官方比賽。但是，其中也存在著無法掩飾讓人驚訝的成員存在，吉斯"middot;霍華德、沃爾夫岡"middot;克勞薩、比格先生，以及帶著神秘女性出場的八神庵。
隨著比賽進行，神樂千鶴突然出現在草薙京等人的面前，她是大會的主辦方之一，是大蛇封印的守護者。由于大蛇的封印即將被突破，而曾經嘗試使用大蛇之力的盧卡爾被草薙京等人擊敗，其爲了見識他們的實力而舉辦了本次大賽。
突然一股飓風襲來摧毀了比賽場地，高尼茨出現。他就是奪走盧卡爾右眼並在盧卡爾體中留下大蛇之力，破壞大蛇封印，同時殺死神樂姐姐神樂萬龜的罪魁禍首。在經曆一番苦戰後，高尼茨被擊敗，在一陣風中消失了。
遊戲一共登場29名角色，以3人一組的方式形成9個隊伍。分別是：主人公隊、餓狼傳說隊、龍虎之拳隊、新"middot;怒隊、超能力戰士隊、新"middot;女性格鬥家隊、金隊、八神隊、BOSS隊。除了以上的參賽隊伍，另外還存在神樂千鶴與高尼茨，通過輸入隱藏指令可進行相應的選擇。
拳皇96爲了使系統更具遊戲性，追加了緊急回避動作以及小"middot;中跳躍，舍棄了以往的側身回避、前跳，而這些改變一直沿用至今。還有發超必殺技時身體會乍現藍光，也是讓人眼前一亮的設定。隨著系統的大幅度變更，遊戲節奏上升帶來的快感無與倫比。不過POWER的積蓄方式還是與以往一樣，人物攻擊力過強，遊戲中的指令投過于變態，無失敗動作並且抓取範圍巨大，大門和克拉克這兩個頂級角色就是很好的例子，八神在96當中甚至不需要鬼步，僅僅向前走去便可使用無限屑風，並且遊戲當中有一些BUG。
