這個版本是基于拳皇2001的改版之一。《拳皇2003：臥虎藏龍》是由一家叫做Phenixsoft的軟件商發布的拳皇改編系列格鬥遊戲。它並不是拳皇系列的正式版本，因爲Phenixsoft並沒有經過PLAYMORE的授權，並且遊戲是根據拳皇2001改編而來的大亂鬥版本。
盧卡爾死了，大蛇被封印了，nest也解體了。很多的謎團正在揭開。
然而，很多時候很多幕後的東西，大衆是看不到的...........
拳皇2003有2個最終boss，一個是阿迪爾海德"middot;伯恩斯坦（盧卡爾的兒子），另一個是無界（遙彼系列的人物）
打出他們的條件：
第4戰面對KUSANAGI，如果用消耗能量的攻擊（換人攻擊也算的）打死他，那麽最終boss就是無界；反之則是阿迪爾海德。
而遊戲的結局乃至官方完整隊伍結局則必須擊敗無界後才能看到；若最終boss是阿迪爾海德，那麽打倒他後直接宣布"ldquo;game over"
選擇最終boss（PS2版限定）
阿迪爾海德：通關流程最終boss是艾迪爾海德"middot;伯恩斯坦的話，通關後即可解鎖艾迪爾海德"middot;伯恩斯坦（在八神庵頭像上按R1即可選出）。
無界：通關流程最終boss是無界的話，通關後即可解鎖無界（在草薙京頭像上按R1即可選出）。
神樂千鶴：在任意位置輸入"uarr;↖"larr;↙"darr;↘"rarr;↗"rarr;↘"darr;↙+任一鍵
草薙：在任意位置輸入"darr;↙"larr;↖"larr;↙"darr;↘"rarr;↗+任一鍵
注：最後一個方向鍵要拉住的時候選人
PS2版可直接選擇KUSANAGI和神樂姐妹。
在人物設定方面，拳皇2003(KOF2003)在加入了新角色的同時，也恢複了大部分角色的老面孔，從這點來說是否意味著SNK真正的回歸？在戰鬥模式上，拳皇2003（KOF2003）依然繼承了三對三的組隊模式，不過對戰模式發生了變化，三名隊員同時上場，玩家們可以看到畫面中體現的是三排血槽，可是對戰時間依然還是60秒（不過比起以前會慢很多），第一位隊員被擊敗後，下一個隊員會立即登場，直到擊敗對方三名隊員，或者是時間結束。不過當能量槽出現CHANGE OK時可以變換出場隊友，CD換上一名隊友，BC換下一名隊友，至此KOF系列通用的CD超重擊被取消。換而代之的是消耗CHANGE OK和能量槽的超重擊，可以破壞對手的防禦，令對手産生硬直時間，並受到己方另一位隊員的登場攻擊。連續技方面也發生了變化，並增加了隊長必殺技這一設定。
